شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی در برخی از استانهای ایران

چکیده: ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی (tomato yellow leaf curl virus, tylcv) در خانواده geminiviridae و جنس begomovirus قرار دارد. این ویروس یکی از مهمترین ویروسهای گیاهی در نواحی گرمسیری و نیمه گرمسیری جهان محسوب می شود. به منظور شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی tylcv در قسمت هایی از ایران، در طی سالهای 1388 و 1389، تعداد 545 نمونه گیاهی مشکوک از مزارع و گلخانه های کاشت گوجه فرنگی و 65 نمونه از مزارع کاشت لوبیا، از استانهای خراسان رضوی، خراسان شمالی، خراسان جنوبی، آذربایجان شرقی، آذربایجان غربی، کرمانشاه و فارس جمع آوری شد. در آزمون pcr پس از بکار بردن دو جفت آغازگر دژنره اختصاصی dna-a جمینی ویروس های منتقل شونده با سفید بالک، قطعه هایی به اندازه تقریبی550 و 1300 جفت باز تکثیر شد و در مجموع 119 نمونه گوجه فرنگی، آلوده تشخیص داده شدند. مناطق آلوده شامل نیشابور، فدیشه، درگز، سبزوار، بجنورد، بیرجند، کازرون و شهرستان صحنه (استان کرمانشاه) بودند. آلودگی به tylcv در هیچکدام از نمونه های لوبیا ردیابی نشد. همچنین هیچکدام از جدایه های مورد بررسی در این تحقیق داری ژنوم دو قطعه ای یا dna? نبودند. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی tylcv با توجه به منطقه نمونه برداری و تنوع علائم، تعداد 22 جدایه از مناطق مختلف کشور همسانه سازی و تعیین توالی شد. قطعه همسانه سازی شده شامل، ناحیه بین ژنی، حدود 200 جفت باز از انتهای 5’ ژن پوشش پروتئینی و حدود 700 جفت باز از ناحیه 5’ ژن پروتئین rep در ژنوم tylcv بود. همچنین در تعدادی از جدایه ها با استفاده از آنزیم فی دی. ان. ای پلیمراز با همانندسازی به روش دایره غلتان، طول کامل ژنوم تکثیر و همسانه سازی گردید و با استفاده از روش primer walking تعیین ترادف شد. در نهایت چهار چوبهای ژنی و نقشه ژنتیکی هر جدایه با استفاده از نرم افزار(invitrogen) vector nti ترسیم گردید. رسم درخت فیلوژنی با استفاده از نرم افزار mega5 و بکارگیری روش neighbor joining بر اساس ترادف نوکلئوتیدی کامل ژنوم، ژن پروتئین پوششی و 200 اسیدآمینه ناحیه انتهای آمینی پروتئین rep انجام شد. آنالیزهای فیلوژنتیکی نشان داد که جدایه های استان خراسان رضوی و شمالی در یک گروه قرار گرفته و بیشترین شباهت (1/98%) را با جدایه اورزوئیه استان کرمان (gu076445) دارند. جدایه های جمع آوری شده از خراسان جنوبی مستقلا در گروهی جداگانه و در کنار جدایه جیرفت (gu076452) و جدایه عمان (dq644565) قرار گرفتند. همچنین جدایه های استان کرمانشاه گروه جداگانه ای قرار داشتند و بیشترین شباهت (8/97%) را با جدایه های almeria از اسپانیا (aj489258) نشان دادند. نتایج حاصل نشان میدهد که از زمان اولین گزارش از وجود tylcv در استانهای جنوبی کشور تاکنون، دامنه پراکنش این ویروس به سمت عرضهای جغرافیایی بالاتر کشیده شده به نحوی که وجود درصد بالای آلودگی از شهرستان نیشابور (روستای فدیشه) و درگز در این تحقیق گزارش می شود. همچنین بر اساس نتایج حاصل ویروس فوق در ایران دارای تنوع ژنتیکی زیادی است و تعیین وجود نژادهای نوترکیب جدید در ایران مستلزم مطالعات بیشتر جدایه های ایرانی می باشد. کلید واژه ها: ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی (tylcv)، تنوع ژنتیکی، آنالیز فیلوژنی، ایران.